Скапа-Флоу отличается огромным изобилием морской флоры и фауны, особенно затонувшие на мелководье корабли, которые служат убежищем для губанов, лобстеров, морских угрей, осьминогов и ярких голожаберных моллюсков. В числе более крупных обитателей – длинномордые тюлени и дельфины, в летние месяцы – гигантские лы; иногда заплывают стада косаток.